Le budget annuel de l'Apur se situe autour de 10 millions d'euros.

80% des recettes sont constituées de subventions de ses partenaires au titre des missions inscrites au programme de travail partenarial et 20% sont des recettes propres (compléments de subventions apportées par des collectivités locales ou des EPCI intéressés par des études inscrites au programme de travail partenarial, par exemple marchés et contrats sur des missions en Île-de-France et à l'international, traitement et vente de données).

La Ville et le Département de Paris assurent plus de 80% des recettes en subvention de l'Apur.