L'Apur est contrôlé par une assemblée générale et un conseil d'administration (22 membres) présidés par Anne Hidalgo, première adjointe au Maire de Paris chargée de l'urbanisme et de l'architecture.
Pierre Mansat, adjoint au Maire de Paris chargé de Paris Métropole et des relations avec les collectivités territoriales d'Ile-de-France est vice-président.
Mme Judith SHAN, Conseillère régionale est vice-présidente.
René Dutrey, adjoint au maire de Paris chargé du développement durable, de l'environnement et du plan climat, conseiller de Paris, est trésorier.
La composition de ces assemblées traduit la volonté de mettre en place une structure d'études et de dialogue :
La Ville de Paris représentée par :
- M. Bertrand Delanoë, Maire de Paris
- Mme Anne Hidalgo, 1ère Adjointe au Maire de Paris, chargée de l’Urbanisme et de l’architecture
- Mme Claire de Clermont-Tonnerre, Conseillère de Paris
- M. Jérôme Dubus, Conseiller de Paris
- Mr Julien Bargeton, Adjoint au Maire de Paris chargé des Déplacements, des transports et de l'espace public
- M. Jean-Yves Mano, Adjoint au Maire de Paris chargé du Logement
- M. Pierre Mansat, Adjoint au Maire de Paris chargé de Paris Métropole et des relations avec les collectivités territoriales d’Ile-de-France
- M. François Vauglin, Conseiller de Paris
Le Département de Paris représenté par M. René Dutrey, adjoint au maire de Paris chargé du développement durable, de l'environnement et du plan climat, conseiller de Paris.
La Région Ile-de-France représentée par trois conseillers régionaux élus par le Conseil Régional :
- Mme Claire MONOD, Conseillère régionale
- Mme Géraldine POIRAULT-GAUVIN, Conseillère régionale
- Mme Judith SHAN, Conseillère régionale
L’Etat représenté par :
- Le Préfet de la Région d’Ile de France, Préfet de Paris, par délégation, M. Philippe Cèbe, Directeur de l'Habitat et du Logement, Direction de l'Urbanisme, du Logement et de l'Équipement de la Préfecture de Paris, pour représenter le Ministre de l’Intérieur, de la Sécurité Intérieure et des Libertés Locales
- M. Jean-Claude Ruysschaert, Préfet, Directeur régional de l’Équipement d’Ile de France, pour représenter le Ministre de l’Écologie, du développement et de l’aménagement durables
- Mme Sylvie Marchand, Directrice de l'INSEE, pour réprésenter le Ministre de l’Économie, des Finances et de l’Industrie
- M. Jean-Marc Blanchecotte, Directeur du service départemental de l’Architecture et du Patrimoine de Paris, pour représenter le Ministre de la Culture et de la Communication
- Le Préfet de Police de Paris, par délégation, par M. Marc-René Bayle, Directeur des Transports et de la Protection du Public
La Chambre de Commerce et d’Industrie Paris représentée par Mr Philippe Solignac, Président, ou son délégué;
La Caisse d'Allocations Familiales de Paris représentée par M. Yves Devaux, Président, ou son délégué ;
La Régie Autonome des Transports Parisiens représentée par M. Pierre Mongin, Président Directeur Général, ou son délégué ;
L'Établissement public d'aménagement Orly-Rungis-Seine-Amont représenté par M. Jacques Touchefeu, Directeur Général, ou son délégué;
Paris Métropole représenté par M. Philippe Laurent, son Président, ou son délégué.