L'Apur participe aux études menées par la Ville de Paris sur l'aménagement et l'utilisation des berges de la Seine dans la capitale. Dans le cadre de la Convention avec la Région pour l'année 2000 et en liaison avec l'Iaurif, l'Atelier examine dans cette étude les possibilités de trouver une continuité entre les aménagements prévus dans Paris et ceux qui peuvent être envisagés sur les rives du fleuve au-delà de la capitale.
Rapport d'étape concernant les secteurs amont et aval de Paris, elle développe des projets de continuité de parcours piétons et vélos d'une part, et examine la cohérence des programmes envisagés d'autre part.